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ChIRP

一、技术概述
        ChIRP是研究体内RNA与蛋白互作的有力工具。该技术在特定时间点用甲醛交联等方式固定细胞内RNA与蛋白及核酸的互作复合物,再利用生物素标记的探针及链霉亲和素磁珠纯化出靶RNA及其与它结合的蛋白、核酸复合物,复合物中的蛋白质被洗脱下来做western-blot,可以验证某个蛋白是否与靶RNA结合;洗脱下来的蛋白液做质谱鉴定,即可筛选出与目的RNA结合的蛋白。
 
二、技术原理
        生物素与链霉亲和素间的作用是目前已知强度最高的非共价作用;其中活化生物素可以在蛋白质交联剂的介导下,与已知的几乎所有生物大分子偶联。
        ChIRP技术利用生物素标记探针识别靶RNA,在纯化靶RNA的同时将与它结合的蛋白也一并纯化出来,洗脱得到靶RNA的结合蛋白质。
 
三、技术应用
        RNA结合蛋白在体内条件下的验证和筛选。
 
四、技术流程
        细胞交联→细胞裂解、超声处理→探针杂交→复合物纯化→蛋白分离→质谱鉴定。

 
五、服务信息
项目名称 客户提供 结果交付
CHIRP
 
1. 基因信息(物种、序列)
2. 细胞系及培养信息
3. 待验证的蛋白信息
4. 蛋白抗体
1. 原始结果图(包括Input、阳性及阴性对照结果)
2. 完整实验报告(包括实验材料、方法、结果分析)
CHIRP-MS
 
1. 基因信息(物种、序列或ID)
2. 细胞系及培养信息
 
1. 原始结果图(input和洗脱液的SDS-PAGE图)
2. 质谱检索结果
3. 完整实验报告(包括实验材料、方法、结果分析)
 
六、参考文献
        1.Genomic maps of long noncoding RNA occupancy reveal principles of RNA-chromatin interactions. Mol Cell 44(4):667-678 (2011).
        2.Chromatin isolation by RNA purification (ChIRP).J Vis Exp (61).(2012)
        3.Systematic discovery of Xist RNA binding proteins. Cell 161(2):404-416(2015).

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