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DNA pull down

一、技术概述
        DNA pull down-MS是体外研究DNA与蛋白互作的有力工具。该技术将生物素标记的DNA片段结合在链霉亲和素磁珠上,再与细胞核蛋白孵育,纯化出与DNA片段互作的蛋白,洗涤洗脱得到的蛋白产物,做western-blot检测特定蛋白是否与靶DNA片段结合;做质谱鉴定即可筛选出与DNA片段可能互作的蛋白信息(如具体某个或某些转录因子/组蛋白等)。
 
二、技术原理
        生物素与链霉亲和素间的作用是目前已知强度最高的非共价作用;其中活化生物素可以在蛋白质交联剂的介导下,与已知的几乎所有生物大分子偶联。因此用生物素标记核酸后,利用生物素和链霉亲和素之间的亲和作用,可以纯化出各种生物大分子复合物。
        DNA pull down实验首先针对靶标区域设计DNA探针,探针经过脱硫生物素标记,跟偶联在磁珠上的链霉亲和素结合;细胞核提取物与磁珠-DNA探针孵育,纯化出与靶DNA片段结合的蛋白复合体,洗脱得到DNA片段的结合蛋白质。
 
三、技术应用
        目的DNA片段的互作蛋白(如转录因子等)筛选。
 
四、技术流程
        体外合成生物素标记的DNA片段→提取核蛋白→孵育→洗涤、洗脱互作蛋白→质谱鉴定。
 
五、服务信息:
项目名称 客户提供 结果交付
DNA pull down
 
1. 基因信息(物种、序列)
2. 细胞系及培养信息
3. 待验证的蛋白信息
4. 蛋白抗体
1. 原始结果图(包括Input、阳性及阴性对照结果)
2. 完整实验报告(包括实验材料、方法、结果分析)
DNA pull down MS
 
1. 基因信息(物种、序列或ID)
2. 细胞系及培养信息

 
1. 原始结果图(input和洗脱液的SDS-PAGE图)
2. 质谱检索结果
3. 完整实验报告(包括实验材料、方法、结果分析)

六、参考文献
        1.A requirement for breast-cancer-associated gene 1 (BRCA1) in the spindle checkpoint. Proc Natl AcadSci U S A 101(49):17108-17113(2004).
        2.Identification of DNA-binding proteins that interact with the 5'-flanking region of the human D-amino acid oxidase gene by pull-down assay coupled with two-dimensional gel electrophoresis and mass spectrometry. J Pharm Biomed Anal 116:94-100(2015).

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