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RNA pull down

技术概述       
RNA pull down是体外研究RNA与蛋白互作的重要技术。该技术通过体外转录靶RNA的一部分或全长,用生物素标记转录产物,再与蛋白提取液孵育,形成RNA-蛋白质复合物。该复合物可与链霉亲和素磁珠结合,从而把靶RNA结合蛋白从蛋白提取液中分离出来。复合物从磁珠上洗脱下来,通过western blot实验检测特定的RNA结合蛋白是否与靶RNA结合;通过质谱仪检测,可以筛选到与靶RNA结合的蛋白。
 


技术原理  
生物素与链霉亲和素间的作用是目前已知强度最高的非共价作用;其中活化生物素可以在蛋白质交联剂的介导下,与已知的几乎所有生物大分子偶联。因此用生物素标记核酸后,利用生物素和链霉亲和素之间的亲和作用,可以纯化出各种生物大分子复合物。
       
RNA pull down实验是用生物素标记体外转录的靶RNA分子,再用链霉亲和素纯化出与靶RNA结合的蛋白复合体,洗脱得到RNA结合蛋白质。
 

技术应用

靶RNA结合蛋白的验证或筛选。
 



技术流程


服务信息


项目名称 客户提供 结果交付
RNA pull down
 
1. 基因信息(物种、序列或ID)
2. 细胞系及培养信息
3. 待验证的蛋白信息
4. 蛋白抗体
1. 原始结果图(包括Input、阳性及阴性对照结果)
2. 完整实验报告(包括实验材料、方法、结果分析)
RNA pull down MS
 
1. 基因信息(物种、序列或ID)
2. 细胞系及培养信息
 
1. 原始结果图(input和洗脱液的SDS-PAGE图)
2. 质谱检索结果
3. 完整实验报告(包括实验材料、方法、结果分析)
 

参考文献

1.Identification of RNA-Protein Interactions Through In Vitro RNA Pull-Down Assays. Methods MolBiol 1480:99-113(2016).
       
2.The long noncoding RNA ASNR regulates degradation of Bcl-2 mRNA through its interaction with AUF1. Sci Rep 6:32189 (2016).
       
3.Silencing of the mRNA-binding protein HuR increases the sensitivity of colorectal cancer cells to ionizing radiation through upregulation of caspase-2. Cancer Lett 393:103-112(2017).


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