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RNA pull down

一、技术概述
        RNA pull down是体外研究RNA与蛋白互作的重要技术。该技术通过体外转录靶RNA的一部分或全长,用生物素标记转录产物,再与蛋白提取液孵育,形成RNA-蛋白质复合物。该复合物可与链霉亲和素磁珠结合,从而把靶RNA结合蛋白从蛋白提取液中分离出来。复合物从磁珠上洗脱下来,通过western blot实验检测特定的RNA结合蛋白是否与靶RNA结合;通过质谱仪检测,可以筛选到与靶RNA结合的蛋白。
 
二、技术原理
        生物素与链霉亲和素间的作用是目前已知强度最高的非共价作用;其中活化生物素可以在蛋白质交联剂的介导下,与已知的几乎所有生物大分子偶联。因此用生物素标记核酸后,利用生物素和链霉亲和素之间的亲和作用,可以纯化出各种生物大分子复合物。
        RNA pull down实验是用生物素标记体外转录的靶RNA分子,再用链霉亲和素纯化出与靶RNA结合的蛋白复合体,洗脱得到RNA结合蛋白质。
 
三、技术应用
        靶RNA结合蛋白的验证或筛选。
 
四、技术流程
        RNA体外转录→与细胞/细胞核裂解液孵育→纯化互作蛋白→洗涤、洗脱互作蛋白→western-blot检测或质谱鉴定。
 
五、服务信息:
项目名称 客户提供 结果交付
RNA pull down
 
1. 基因信息(物种、序列或ID)
2. 细胞系及培养信息
3. 待验证的蛋白信息
4. 蛋白抗体
1. 原始结果图(包括Input、阳性及阴性对照结果)
2. 完整实验报告(包括实验材料、方法、结果分析)
RNA pull down MS
 
1. 基因信息(物种、序列或ID)
2. 细胞系及培养信息
 
1. 原始结果图(input和洗脱液的SDS-PAGE图)
2. 质谱检索结果
3. 完整实验报告(包括实验材料、方法、结果分析)
 
参考文献
        1.Identification of RNA-Protein Interactions Through In Vitro RNA Pull-Down Assays. Methods MolBiol 1480:99-113(2016).
        2.The long noncoding RNA ASNR regulates degradation of Bcl-2 mRNA through its interaction with AUF1. Sci Rep 6:32189 (2016).
        3.Silencing of the mRNA-binding protein HuR increases the sensitivity of colorectal cancer cells to ionizing radiation through upregulation of caspase-2. Cancer Lett 393:103-112(2017).

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