服务项目 / Our professional service 辉骏首页>服务项目>特色技术服务>

核酸蛋白互作:RNA/DNA pull down,CHIRP

技术简介:
        核酸与蛋白互作不仅是生物有机体展示其生命活动的基本形式之一,还是核酸和蛋白功能阐释的重要内容。
        常用于核酸与蛋白互作研究的技术包括:RNA pull down、DNA pull down、ChIRP、ChIP、reverse-ChIP、RIP等。
        其中,RNA/DNA pull down是研究体外条件下RNA或DNA与蛋白互作的重要技术。该技术通过体外转录目的RNA的一部分或全长,用生物素标记转录产物,再与链霉亲和素磁珠孵育使之固定在磁珠上,用以“pull down”互作蛋白,纯化的产物蛋白经特定抗体的western-blot实验,可验证某种蛋白与目的RNA/DNA是否有相互作用;纯化的蛋白经质谱鉴定,即可筛选到与目的RNA结合的蛋白。
        CHIRP-MS是研究体内条件下RNA与蛋白互作的技术。该技术在特定时间点用甲醛交联等方式固定细胞内RNA与蛋白及核酸的互作复合物,再利用生物素标记的探针及链霉亲和素磁珠纯化出与RNA结合的蛋白及核酸的复合物,分离产物中的蛋白质做质谱鉴定,即可筛选出与目的RNA结合的蛋白。


应用领域:
        用于目的RNA或DNA的互作蛋白验证或筛选,如验证或寻找特定基因的转录因子。


技术优点:
        这三种技术是捕获RNA/DNA-蛋白复合体的最常用方法,结合western-blot实验可以验证某种蛋白是否与目的RNA/DNA互作,结合质谱技术可以高通量鉴定与RNA/DNA结合的目的蛋白。


技术流程:
        RNA体外转录→与细胞/细胞核裂解液孵育→纯化互作蛋白→洗涤、洗脱互作蛋白→western-blot或质谱鉴定。


参考文献
        1.Identification of RNA-Protein Interactions Through In Vitro RNA Pull-Down Assays. Methods MolBiol 1480:99-113(2016).
        2.The long noncoding RNA ASNR regulates degradation of Bcl-2 mRNA through its interaction with AUF1. Sci Rep 6:32189(2016).
        3.Silencing of the mRNA-binding protein HuR increases the sensitivity of colorectal cancer cells to ionizing radiation through upregulation of caspase-2. Cancer Lett 393:103-112 (2017).
        4.Genomic maps of long noncoding RNA occupancy reveal principles of RNA-chromatin interactions. Mol Cell 44(4):667-678(2011).
        5.Systematic discovery of Xist RNA binding proteins. Cell 161(2):404-416(2015).

> BACK TO HOME
  • 广州辉骏生物科技有限公司
    地址:广州市萝岗区科学城科技企业孵化园区
    7x24小时客服电话:020-32053431
    企业QQ:
    ©2011-2015 广州辉骏生物科技有限公司 版权所有 粤ICP备09009201号