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蛋白质相对定量:iTRAQ/TMT技术

iTRAQ/TMT相对定量蛋白质组分析
 

技术简介:
        蛋白质组是指由一个基因组,或一个细胞、组织表达的所有蛋白质。与基因组相比,蛋白质组是动态的,不同物种、不同生物个体以及同一生物体在不同发育阶段或不同实验条件下,其蛋白质的表达都会不同。
        目前常用的差异蛋白质组学技术有:双向电泳、荧光差异双向电泳(DIGE)、label-free、iTRAQ、TMT、SILAC等。
        其中,iTRAQ (Isobaric tag for relative and absolute quantitation,iTRAQ)和TMT(Tandem Mass Tag)是近年来应用最广泛的差异蛋白质组学技术,它们均采用体外标记的方法,利用同位素试剂标记蛋白质酶解后产生的多肽,对遗传背景相似的2个或多个样本,在全蛋白质组层面上展开相对定量分析。
        iTRAQ由AB SCIEX公司研发,试剂盒中含8种同位素试剂,最多可同时标记8个多肽样品。TMT由美国Thermo Scientific公司研发,试剂盒中含10种同位素试剂,最多可同时标记10个多肽样品。
        体外标记的多肽样品等量混匀后,经高效液相色谱和高分辨率的质谱(Thermo ScientificQ Exactive)分析,可得到各肽段的质谱信息。经数据库匹配,获得各个蛋白质在不同样本中的相对定量比值,从而筛选出各样本中的表达差异蛋白质。


应用领域:
        疾病标记物筛选、药物作用靶点、动植物抗病/抗胁迫机制、动植物发育分化机理等。


技术流程:
        蛋白质样本制备——样本质量检测——蛋白酶解——肽段标记——肽段等量混合——混合肽段HPLC分级——质谱分析——数据库检索——蛋白质定性和定量结果——筛选差异蛋白——统计分析和生物信息学分析


技术优点:
        1. 高通量:可同时对8个样品(iTRAQ技术)或10个样本(TMT技术)进行差异蛋白质组分析,同时得到数千种蛋白质的定性和相对定量信息。
        2. 分析范围广:采用液质联用技术,消除了凝胶分离蛋白的局限性,对低丰度蛋白、酸/碱性蛋白、小于10KD或大于100KD的蛋白也有较好的分析能力。
        3. 适用性强:可以标记各种类型的样本——动植物组织、微生物、体液、细胞培养物、亚细胞器等。


参考文献(客户发表):
        1.Zhou C.X.et al: Global iTRAQ-based proteomic profiling of Toxoplasma gondii oocysts during sporulation. J Proteomics, 148:12-19 (2016).
        2.Hua,Y.et al: iTRAQ-based quantitative proteomic analysis of cultivated Pseudostellariaheterophylla and its wild-type. J Proteomics, 139:13-25 (2016).
        3.Zhai,Y.et al: Activation of the TOR Signalling Pathway by Glutamine Regulates Insect Fecundity. Sci Rep, 5:10694 (2015).
        4.Qiu,M.et al: Comparative proteomics analysis of Bacillus amyloliquefaciens SQR9 revealed the key proteins involved in in situ root colonization. Journal of proteome research, 13(12):5581-5591 (2014).

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