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编码多肽或蛋白的lncRNA和circRNA

技术简介:
        越来越多的研究表明,有的lncRNA和circRNA也能编码多肽或蛋白;且部分多肽还具有重要生理功能。为系统研究具有多肽或蛋白编码功能的lncRNA或circRNA,我公司制定了能快速准确筛选它们及探究其产物功能的个性化解决方案。该技术的基本思路是:编码蛋白的RNA有开放阅读框(ORF),翻译时会与核糖体结合,产生对应的多肽或蛋白产物,通过分离核糖体-RNA复合物,对RNA进行测序,lncRNA/circRNA分析,ORF预测,可以预测其编码的多肽或蛋白信息;之后分离样本中的蛋白质进行质谱测定,获得实际的多肽或蛋白信息;将以上两种信息进行匹配,即可筛选到具有多肽或蛋白编码功能的lncRNA/circRNA信息。


应用领域:
        编码多肽或蛋白的lncRNA和circRNA研究。


技术优点:
       可以从一次性获得很多编码多肽或蛋白的lncRNA和circRNA信息,为后续研究鉴定基础。


技术流程:
    1.建立数据库
        核糖体-RNA复合物分离→lncRNA/circRNA测序→ORF预测→建立多肽或蛋白数据库
    2.质谱鉴定
        样本总蛋白→一定大小范围的蛋白做质谱鉴定→数据匹配
    3.筛选具有编码能力的lncRNA/circRNA
        综合1和2的结果筛选出具有多肽或蛋白编码功能的lncRNA/circRNA
    4.验证及功能研究
        lncRNA/circRNA编码的多肽或蛋白验证及相关功能探究


参考文献
        1.A micropeptide encoded by a putative long noncoding RNA regulates muscle performance. Cell 160(4):595-606 (2015). [IF>30]
        2.A peptide encoded by a transcript annotated as long noncoding RNA enhances SERCA activity in muscle. Science 351(6270):271-275 (2016). [IF>30]
        3.Circ-ZNF609 Is a Circular RNA that Can Be Translated and Functions in Myogenesis. Mol Cell 66(1):22-37 e29 (2017). [IF>15]
        4.Translation of CircRNAs. Mol Cell 66(1):9-21 e27 (2017). [IF>14]
        5.Extensive translation of circular RNAs driven by N6-methyladenosine. Cell Res 27(5):626-641 (2017). [IF>15]

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