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蛋白质-蛋白质相互作用数据库

蛋白质之间相互作用(protein-protein interactions, PPI)的数据库,在过去的几年中,有大规模实验开始研究蛋白质之间的相互作用,并且很多相关资源可以在互联网上得到。了解一个基因编码蛋白质与其它蛋白质之间的关系,对于推测这个基因发挥功能所需的背景关系具有重要意义。BIND(biomolecular interaction network database)数据库是BOND(biomolecular object network databank)数据库的一个子数据库,它是现在最大的PPI数据库。BIND数据库收录了1500种生物分子之间的200,000种相互作用的数据。这种相互作用不仅包括蛋白质之间的相互作用,还包括蛋白质与DNA、RNA、小分子、脂质以及糖类物质之间的相互作用。BIND数据库每日更新、覆盖面广,包含人、果蝇、酵母、线虫等物种的PPI[3]。

在 BIND 数据库中,PPI 被分成 3 大类:二元分子相互作用(binary interaction) 、分 子 复 合 物(molecularcomplexe)以及生物途径(biological pathway),它们分别从不同层面呈现了分子间的相互作用关系[3]。
 

DIP(database of interacting protein)数据库专门存储经实验证实的来自文献报道的二元 PPI,以及来自 PDB(protein data bank)数据库的蛋白质复合物。目前DIP收录了18,000种相互作用的数据,DIP的目的在于建立一个简单、易用、高度可信的PPI公共数据库[3]。


MIPS(mammalian protein-protein interactiondatabase)数据库同样利用文献挖掘技术,专门存储哺乳动物的PPI,主要包括人、大鼠和小鼠等物种。该数据库详细记录了蛋白质相互作用的类型、实验证据及其结合位点。同时,它还提供蛋白质名称、实验方法和物种等多种查询方式[3]。
 

HPRD(human protein reference database)数据库是包含蛋白质注释、PPI、转录后修饰和亚细胞定位等多种信息的综合数据库[3]。
 

IntAct也是一个存储和分析生物分子间相互作用的公共数据库。它主要记录二元相互作用及其实验方法、实验条件和相互作用结构域,包括人、酵母、果蝇和大肠杆菌等物种。 IntAct 数据库分为基本查询和高级查询:基本查询可以根据蛋白质名称、PubMedID等进行简单搜索;高级查询根据实验方法和IntAct自定义的控制词汇进行查询。GRID存储了酵母、果蝇和线虫的遗传和生理作用。Osprey蛋白质相互作用网络可视化系统是加拿大多伦多大学一个生物信息学研究组开发的,其目的在于更好地研究蛋白质相互作用网络和蛋白质复合物[3]。
 

表5 蛋白质-蛋白质相互作用数据库和数据库工具
工具 类型 所在地 网址
BIND 蛋白质-蛋白质相互作用途径 加拿大多伦多西乃山医院 http://bind.ca/
DIP 蛋白质-蛋白质相互作用 加州大学洛杉矶分校 http://dip.doe-mbi.ucla.edu/
MIPS 哺乳动物的蛋白质-蛋白质相互作用 慕尼黑蛋白质序列信息中心 http://mips.gsf.de/proj/ppi/
HPRD 人类蛋白质参考资源 美国约翰霍普金斯大学 http://www.hprd.org/
GRID 酵母、果蝇和线虫的遗传和生理作用 加拿大多伦多西乃山医院 http://biodata.mshri.on.ca/grid/
IntAct 蛋白质相互作用数据库的db系统和工具的开发资源 欧洲生物信息学中心 http://www.ebi.ac.uk/intact/
Ospray 蛋白质相互作用的可视化工具 加拿大多伦多西乃山医院 http://biodata.mshri.on.ca/osprey/

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