circRNA pull down技术原理

目前，circRNA pull down技术绝大部分是基于接口序列设计探针捕获circRNA及其结合蛋白。由于受限于接口处序列特征，很多circRNA无法设计出理想的探针，最终导致实验失败。 我司开发了一种新型的circRNA pull down方法，通过构建circRNA过表达载体，使circRNA连上一段16nt的短RNA序列标签（命名为F2），该标签与其特异性配体具有很强的亲和力，因此可利用该系统高效调取靶RNA序列及其结合蛋白。最终通过western blot或LC-MS/MS实验检测洗脱液中靶RNA的潜在结合蛋白，还可通过qPCR实验检测能够结合靶circRNA的miRNA。

凭借10多年的 RNA 研究经验，辉骏生物已掌握先进的 circRNA pull-down 技术，帮助您识别 miRNA/RBP 和 circRNA 之间的相互作用。每个项目都是完全定制的，以满足您的科学需求，我们经验丰富的团队可以为任何个人要求提供灵活的解决方案，以更快的周转时间和更低的价格向客户保证最可靠和最有效的研究服务。如果您对circRNA pull-down有任何实验问题，请随时与我们联系！

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circRNA pull-down技术实验流程

应用领域

circRNA pull down应用背景

环状RNA（circRNA）是单链共价闭合的RNA分子，广泛存在于各物种中。据报道，circRNA可作为转录调控因子、microRNA海绵和蛋白翻译模板发挥生物学功能，

除此之外，circRNA还可以结合蛋白质来发挥作用，如：

以上这些作用模式又不是相互独立的，而是可能存在重叠。

由于蛋白质是几乎所有生命活动的直接效应分子，因此研究circRNA与蛋白的相互作用极大地拓展了我们对circRNA功能的认知。

circRNA pull down研究案例-客户文章解析

circRHOT1通过激活NR2F6促进肝细胞癌进程

研究背景

利用在线数据库对肝细胞癌(HCC)组织和癌旁组织的circRNA表达水平分析显示，circRHOT1是在HCC中上调很明显的一种保守性的circRNA，因此作者以circRHOT1为对象研究了其在HCC中的作用机制。

研究路线

研究结论

circRHOT1通过募集TIP60蛋白到NR2F6启动子来促进其表达，进而促进HCC进程。circRHOT1和NR2F6是HCC预后的潜在生物标志物，但由于在HCC患者中抑制circRHOT1较为困难，因此药理学上抑制NR2F6可能更有希望。

客户文献

Wang L.Y. Circular RNA circRHOT1 promotes hepatocellular carcinoma progression by initiation of NR2F6 expression. Molecular Cancer. 2019. (IF= 27.401).

蛋白组/代谢组实验

❶ iTRAQ 定量蛋白质组学

❷ Label Free 实验检测服务

❸ LC-MS/MS 蛋白质谱鉴定

❹ DIA 全息扫描定量蛋白质
❺ 广泛靶向代谢组学

蛋白/核酸相互作用实验

❶ GST pull down

❷ RNA pull down

❸ DNA pull down

❹ Co-IP 免疫共沉淀

❺ TAP-MS串联亲和纯化

分子细胞生物学实验

❶ 基因调取/合成 (cDNA克隆)

❷ 荧光定量PCR (qPCR)

❸ 载体构建实验服务

❹ miRNA靶基因验证
❺ 慢病毒包装

科研产品

❶ 哺乳动物细胞表达载体

❷ 人cDNA克隆库

❸ 慢病毒表达载体

❹ 慢病毒干扰载体

抗体工程服务

❶ 单克隆抗体测序

❷ 抗体从头测序

❸ 抗体表达服务

❹ 重组抗体表达

实验试剂盒

❶ RNA pull down 试剂盒

❷ GST pull down 试剂盒

❸ COIP 试剂盒

❹ Flag 试剂盒

辉骏实力

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辉骏生物提供的circRNA pull down服务分为以下两种：

1. circRNA pulldown WB，用于检测某细胞中的目标circRNA与待测蛋白是否存在相互作用；

2. circRNA pulldown MS，用于筛选某细胞中的目标circRNA与哪些蛋白具有相互作用。

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circRNA pull-down服务优势*辉骏生物

1. 该F2亲和纯化系统为辉骏生物自主研发，F2标签与其特异性配体具有非常高的亲和力，保证了该系统能够高效调取circRNA及其结合蛋白，并且捕获特异性更强。

2. 由于F2标签是跨接口设计，只有当形成circRNA时才能保证F2标签的完整性，因此可以有效去除线性基因的背景干扰。

3. 不受限于circRNA接口处序列，适用范围更广。

4. circRNA pull down结合质谱的方法能够高通量的筛选与靶circRNA结合的蛋白。

circRNA pull down样本要求

1. 送样量要求

▲注意：这里列出的均为每组样本的送样量，如果实验和对照组用的样本一致，此样本量*2。详细送样指南可联系辉骏生物客服或销售索取。

2. 样本保存和运输要求：

（1）样本用PBS清洗干净后，离心去掉液体，先放入液氮中速冻，再转移至-80℃冰箱中保存；

（2）样本一定要做好标记，应用油性防冻记号笔或标签纸在管上注明样本名称或编号；

（3）样本较多或需要分批做，要将样本分装；

（4）干冰取样/运输；需要至少在送样前一天通知我方。

circRNA pull down结果示例

circRNA成环检测（qPCR）

circRNA调取效率检测（qPCR）

凭借10多年的 RNA 研究经验，辉骏生物已掌握先进的 circRNA pull-down 技术，帮助您识别 miRNA/RBP 和 circRNA 之间的相互作用。每个项目都是完全定制的，以满足您的科学需求，我们经验丰富的团队可以为任何个人要求提供灵活的解决方案，以更快的周转时间和更低的价格向客户保证最可靠和最有效的研究服务。如果您对circRNA pull down有任何实验问题，请随时与我们联系！

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