溴芬兰是常用的颜色显示剂，同时也是一种重要的PH指示剂，在碱性条件下显蓝色，酸性条件下显黄色。在等电聚焦过程中，溶液中的痕量溴芬兰也被聚焦，形成蓝色条带并逐渐向酸性移动，同时颜色逐渐变黄。溴酚蓝的移动大致发生在小分子的聚焦之后，蛋白质大分子聚焦之前，可以通过溴芬兰的颜色和移动的效果初步判断等电聚焦效果的好坏。