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蛋白质质谱分析是指在蛋白质研究和表征中使用质谱分析，包括蛋白质的定量、分析、相互作用图谱以及翻译后修饰的鉴定。 蛋白质质谱分析也可称为基于质谱的蛋白质组学。 基于质谱的蛋白质组学由三种方法组成：自上而下、中下和自下而上的蛋白质组学。