免疫共沉淀（Co-IP）是蛋白质相互作用研究的常用技术，原理是借助磁珠或琼脂糖珠偶联抗体，捕获目标蛋白及其互作蛋白。 

高分文献的Co-IP研究核心在于实验设计：如何验证互作特异性？怎样通过分组对照揭示调控机制？复合物解析、修饰调控等不同研究目的，对应何种设计逻辑？ 

辉骏生物在本文深入解析Co-IP的底层设计思路，助你掌握符合高分研究范式的实验设计与解读能力，提升课题说服力与发表层次。

Co-IP 4大核心应用（覆盖基础验证至高级筛选）： 1.  验证已知蛋白互作 2.  质谱筛选未知互作蛋白（含下游蛋白、药物靶点） 3.  解析多蛋白复合物组成 4.  探究翻译后修饰对蛋白互作的调控

 Co-IP操作流程 

看CoIP实验文献时，你是否仍被复杂实验设计绕晕：如何验证互作特异性？外源因素对蛋白结合力的影响怎么设计实验？多蛋白互作、结合结构域如何定位？甲基化 / 泛素化等修饰对互作的调控怎么验证？

别急！Co-IP 文献解读进阶篇来袭，辉骏生物在本文拆解高分文章经典实验设计逻辑，轻松拿捏文献解读与实验方案设计！

Co-IP解读案例1 

前期已证实PRMT1与FBXO7存在互作，本实验核心亮点在于敲除细胞系+正反拉蛋白的进阶设计：跳出单纯的存在性验证，直击二者结合量的量化分析，让结论更严谨有力。 

shPRMT1后条带变浅，表明结合量下降，验证互作阳性；正反拉蛋白即分别以PRMT1、FBXO7为诱饵，捕获对应互作蛋白。 这种组合设计是高分文献验证蛋白互作的经典范式，既能排除非特异性结合干扰，又能量化互作强度，值得直接借鉴。

图1 Co-IP验证PRMT1蛋白和FBXO7蛋白之间的结合量分析

想验证1个诱饵蛋白与2个同标签候选蛋白的互作？这组Co-IP实验设计可直接抄作业！

 核心分组：①共转Pit1-HA与RGA4-myc质粒；②共转Pit1-HA与Pit2-myc质粒。

 设计亮点：Input验证互为阴性对照——Input条带清晰，证明3种目的蛋白均成功表达；且转染RGA4-myc组无Pit2-myc条带，转染Pit2-myc组无RGA4-myc条带，排除非特异性干扰。 IP结果解读：HA抗体下拉Pit1-HA时，仅②组富集到Pit2-myc，①组无RGA4-myc条带，直接证实Pit1与Pit2特异性互作、与RGA4无互作。 

“1诱饵+多候选+阴性对照内置”的设计，高效解决同标签候选蛋白互作验证难题，科研人直接照搬提效！

 Co-IP解读案例3 

Co-IP机制研究神设计！探究外源因素对蛋白结合力的影响，直接抄文献方案！想明确蛋白、药物等外源因素对蛋白互作的调控作用？这套高分文献同款设计轻松搞定！ 

实验分组（4对照+2实验）： 

对照组：①空白组 ②仅转Flag-MVP ③仅转HA-ASK1（诱饵） ④仅转His-TRAF6（互作蛋白）

 实验组：⑤共转HA-ASK1+His-TRAF6（验证基础互作） ⑥共转Flag-MVP+HA-ASK1+His-TRAF6（探究MVP调控作用） 

关键前提：Input验证所有目的蛋白均成功表达。 

结果解读：HA抗体下拉HA-ASK1后，⑤组检测到His-TRAF6（证实基础互作）；⑥组His-TRAF6条带消失，证明过表达MVP显著抑制二者结合。 

“多对照+基础互作+调控组”三层设计，精准排除假阳性、锁定调控效应，是蛋白互作机制研究的经典范式，科研人直接照搬让实验更严谨！

图3 Co-IP验证Flag-MVP蛋白对HA-ASK1和His-TRAF6蛋白结合力的的影响

 Co-IP解读案例4 

Co-IP 定位蛋白结合结构域！文献高频截短体策略，精准锁定互作关键区域！想明确蛋白互作的核心结构域？这套高分方案直接用！

实验设计：诱饵蛋白 Flag-AATF（含全长 + 不同截短体），互作蛋白 XRCC4；对照组转染 Flag 空载体，排除标签干扰。

关键前提：Input 验证证实 AATF 全长、各截短体及 XRCC4 均成功表达，排除假阴性。

结果解读：Flag 抗体下拉后，全长组可检测到 XRCC4 条带；缺失 331-380 氨基酸的截短体组无条带，直接锁定AATF 的 331-380 结构域是二者互作关键靶点。

“全长 + 截短体”Co-IP 设计，是蛋白结合结构域定位的金标准，助力机制研究更深入！

 Co-IP解读案例5 

Co-IP解锁甲基化调控！**敲除细胞系+IP验证**，精准揭示蛋白修饰机制！想探究蛋白对目标蛋白甲基化的调控作用？这套高分方案直接抄！

 实验设计：在Huh7、PLC/PRF/5细胞中，构建FBXO7敲除组（shFBXO7）与对照組（shScramble，无靶向性），通过敲除后对比探究FBXO7对PHGDH甲基化的影响。 

关键验证：WCL检测证实目的蛋白均表达，IB显示shFBXO7组FBXO7条带显著减弱，敲除细胞系构建成功。 

结果解读：PHGDH抗体下拉后，甲基化位点特异性抗体检测显示—shFBXO7组PHGDH甲基化条带更深，且PHGDH本底表达无变化，证明FBXO7敲除不影响其合成，仅特异性促进甲基化。

结论：FBXO7负向调控PHGDH甲基化！“敲除细胞系+Co-IP+修饰位点检测”组合设计，排除干扰、精准量化，助力机制研究更具说服力～

 Co-IP解读案例6 

Co-IP解析泛素化机制！**突变体+回复实验**，精准锁定泛素化关键位点！想探究蛋白泛素化调控机制与关键修饰位点？这套教科书级设计直接抄！ 

核心要素：KR（GFP-PRMT1泛素化位点突变体）、HA-Ub（泛素标签）、MG132（阻断泛素降解）；IP下拉GFP-PRMT1，IB检测泛素化水平与蛋白本底。 

结果解读：① shFOBX7组HA-Ub条带变浅、GFP条带不变，证明敲除FOBX7特异性抑制PRMT1泛素化；② 回补Flag-FOXB7后泛素化恢复，反向验证FOBX7是正向调控因子；③ K37R突变体无法恢复泛素化，锁定K37是PRMT1泛素化核心靶点。 

“抑制+回复+突变体筛选”三重验证，明确调控关系、定位关键位点，让实验逻辑拉满！

IP/Co-IP实验设计有疑问？欢迎咨询辉骏生物技术人员！辉骏生物提供全面的蛋白互作实验服务，涵盖了Co-IP、RIP、RNA pull down、ChIP、DNA pull down等多个领域。这些实验服务能够满足不同科研人员的需求，无论是基础研究还是临床应用研究，都能在这里找到合适的解决方案。

此外，辉骏生物为蛋白互作实验服务配套了各类专用试剂盒。试剂盒经过我们精心研发和优化，具有高灵敏度、高特异性和良好的重复性等特点。不同的试剂盒适用于不同的实验类型和样本类型，为您的实验提供有力的支持。辉骏生物各类互作试剂盒能够在保证实验效果的前提下，最大程度地减少样本的使用量，避免样本的浪费。

 CoIP实验参考文献 

[1] Mi L, Cai Y, Qi J, et al. Elevated nonhomologous end-joining by AATF enables efficient DNA damage repair and therapeutic resistance in glioblastoma. Nat Commun. 2025;16(1):4941.

[2]Liu, Qingling., Pan, Junlu., Bao, Linrui., Xu, Chunxiang., Qi, Yu..  Major Vault Protein Prevents Atherosclerotic Plaque Destabilization by Suppressing Macrophage ASK1-JNK Signaling. Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology, 2022, 42(5):580-596.

[3]Luo L, Wu X, Fan J, et al. FBXO7 ubiquitinates PRMT1 to suppress serine synthesis and tumor growth in hepatocellular carcinoma. Nat Commun. 2024;15(1):4790. Published 2024 Jun 5. 

[4]Li Y, Wang Q, Jia H, et al. An NLR paralog Pit2 generated from tandem duplication of Pit1 fine-tunes Pit1 localization and function. Nat Commun. 2024;15(1):4610. Published 2024 May 30. 

[5]Liu Q, Pan J, Bao L, et al. Major Vault Protein Prevents Atherosclerotic Plaque Destabilization by Suppressing Macrophage ASK1-JNK Signaling. Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2022;42(5):580-596.