免疫沉淀（IP）、免疫共沉淀（Co-IP）及GST pull-down、RNA pull-down、DNA pull-down、药物pull-down等各类实验，是解析蛋白互作关系、挖掘分子机制的核心技术手段，而质谱鉴定作为此类实验的关键收尾环节，其仪器性能与检测模式的科学选择，直接决定互作蛋白鉴定的深度、灵敏度及结果可靠性，更是规避“蛋白富集成功但有效鉴定率偏低”“背景杂蛋白干扰”“数据重复性差”等科研痛点的核心关键。

辉骏生物深耕蛋白互作与蛋白质组学领域15年，依托完善的质谱检测平台与深厚的技术积淀，针对IP-MS实验中质谱仪选型这一核心科研痛点，以同一IP富集样本为研究对象，系统对比Orbitrap Fusion Lumos与Orbitrap Astral两大主流高分辨质谱仪的检测表现，从蛋白鉴定数目、背景污染控制效率、互作蛋白数据质量（含肽段匹配度、蛋白定量准确性）等核心维度展开系统分析，为科研同行开展IP-MS相关实验、科学选择适配仪器及检测模式提供严谨、可落地的技术参考，助力科研工作者高效推进课题研究、突破技术瓶颈。

常用质谱仪简介

1、Orbitrap Fusion Lumos质谱仪

从仪器核心构造与性能优势来看，Orbitrap Fusion Lumos质谱仪整合了“高选择性四极杆+双压线性离子阱（LIT）+经典Orbitrap”三重质量分析器，其核心技术优势集中体现在离子破碎与信号放大能力上。该仪器依靠离子阱实现层层递进的离子破碎过程，支持原生CID、HCD及可选ETD/EThcD/UVPD等多种碎裂模式，具备超强的MSⁿ多级质谱解析能力；同时可通过长时间离子累积，将微量蛋白信号有效放大，这一特性使其在低丰度互作蛋白鉴定、蛋白修饰位点解析、复杂蛋白结构鉴定及蛋白从头测序等场景中展现出显著优势，尤其适配IP-MS实验中互作蛋白丰度差异大、样本复杂度高的核心需求。

在检测模式方面，Orbitrap Fusion Lumos可灵活切换DDA（数据依赖性采集）与DIA（数据非依赖性采集）两种主流模式，适配不同IP-MS实验的检测需求。其中，DDA模式属于靶向性采集方式，其核心原理是在质谱全扫描过程中，优先筛选信号强度较高的母离子，对其进行逐级碎裂并开展二级质谱采集，可精准聚焦高丰度互作蛋白及其肽段；DIA模式则属于无靶向采集方式，通过将质谱全扫描范围划分为若干子窗口，对每个窗口内的所有离子进行循环碎裂与全面检测，该模式具备超高分辨率（最高可达500,000）、亚飞克级检测限的超高灵敏度及快速扫描特性，能够最大程度捕获样本中低丰度互作蛋白信息，有效提升IP-MS实验中互作蛋白的鉴定覆盖率与可靠性。

图1 Orbitrap Fusion Lumos质谱仪

2、Orbitrap Astral质谱仪

Orbitrap Astral质谱仪结合了“高选择性四极杆+经典Orbitrap+快速Astral”三重质量分析器，与Orbitrap Fusion Lumos相比，它去掉了线性离子阱，牺牲了结构深度（仅HCD为主，不支持CID、原生无ETD离子阱碎裂模式 ），但新增了Astral高速无损检测器，双路并行采集，换来了更快的扫描速度和高通量DIA，一天可以检测上百个样本，特别适合于大规模高通量DIA蛋白组学检测，缩短上机时间。

Orbitrap Astral质谱仪也有DDA和DIA两种采集模式，但主要选择DIA模式（数据非依赖性采集）进行蛋白质组学检测。

图2 Orbitrap Astral质谱仪

3、Orbitrap Fusion Lumos与Orbitrap Astral质谱仪的区别

Orbitrap Fusion Lumos、Orbitrap Astral做IP蛋白样本鉴定的数据质量到底如何？下面辉骏生物分别用这两大质谱仪对IP样本进行测试，以对Orbitrap Fusion Lumos、Orbitrap Astral数据质量有一个客观认知。

实验技术路线及方案

1、IP-MS技术路线

图3 IP-MS技术路线图

2、检测方案

为了公平对比两款仪器的真实性能，辉骏生物设置了严格的对照体系：

• 本次实验包含：IP control（阴性对照）、IP sample（实验样本）；将IP获得的蛋白溶液进行酶解，并将肽段样本一分为二，分别用不同的质谱仪检测；

• 两组样本前后各插入1针H₂O空白样本，通过水样本的蛋白检出量评估仪器背景污染；

• 两种质谱仪均采用DIA（数据非依赖采集）方法，产生的数据均用DIA-NN软件检索；

• 诱饵蛋白为PSMD14，全面评估诱饵蛋白的检出稳定性、背景污染、互作蛋白鉴定三大核心指标。

实验数据鉴定结果

1、诱饵蛋白PSMD14检出效果

诱饵蛋白的稳定检出是IP质谱实验的前提，且空白或空载对照组中不能出现诱饵蛋白污染：

• Fusion Lumos：仅在IP sample中检出PSMD14蛋白，control、H₂O-1、H₂O-2组均无检出，无交叉污染，诱饵信号100%可靠；

• Orbitrap Astral：除IP sample外，H₂O-2空白样本中也检出了PSMD14，说明存在仪器残留污染。

结论：在诱饵蛋白检出稳定性方面，两种质谱仪都可以稳定检测到诱饵蛋白，但Astral对照组有诱饵蛋白污染。

2、蛋白鉴定数目和背景污染

辉骏生物通过水空白样本的蛋白鉴定数直观评估：

• Fusion Lumos：H₂O-1仅检出139个蛋白，H₂O-2也仅检出97个蛋白，背景污染少，不易因仪器残留带来假阳性干扰；

• Orbitrap Astral：H₂O-1检出1183个蛋白，H₂O-2仍有840个蛋白，背景噪音高，大量仪器残留蛋白会干扰真实互作的筛选。

结论：在蛋白鉴定总数方面，Astral更多；在背景污染方面，Fusion Lumos更干净。

3、互作蛋白鉴定能力

辉骏生物通过“样本扣除对照”的方式，筛选潜在的特异性互作蛋白：

• Fusion Lumos：sample扣除control后，得到332个共有蛋白（污染蛋白）、1019个差异蛋白（潜在互作蛋白）；

• Orbitrap Astral：sample扣除control后，得到799个共有蛋白（污染蛋白）、910个差异蛋白（潜在互作蛋白）；

Fusion Lumos背景污染少，因此鉴定到了更多的潜在互作蛋白，低丰度互作蛋白的捕获能力强。

结合现有数据库资源，查询已收录的PSMD14蛋白的已知互作蛋白（共523个），评估本次IP样本使用不同质谱仪的互作蛋白鉴定质量：

结论：在互作蛋白鉴定能力方面，Fusion Lumos鉴定到的互作蛋白更多，可信比例更高，数量与质量双优。

实验数据分析说明

1、背景污染控制

Fusion Lumos 优于 Orbitrap Astral

2、鉴定蛋白总数

Orbitrap Astral 优于 Fusion Lumos

3、互作蛋白数量和质量

Fusion Lumos 优于 Orbitrap Astral

4、优缺点总结

✅Fusion Lumos：诱饵蛋白检出稳定，背景污染少，鉴定到的互作蛋白数量多，综合表现优异，是IP或pull-down样本互作蛋白鉴定的理想机型；因检出的候选蛋白较多，后期可以搭配生信分析来减少筛选难度。

✅Orbitrap Astral：检测灵敏度高，所以蛋白鉴定数量最多，但背景污染较重，如果做IP样本，假阳性率偏高，且必须留意上机顺序，否则对照组易出现诱饵蛋白。

综上，Fusion Lumos仪器在IP类样本的质谱鉴定方面的表现更为出色，能平衡鉴定蛋白数量和背景污染的问题，得到更多高质量的互作蛋白。

服务全新升级

依托自身在蛋白互作与蛋白质组学领域的长期深耕与技术积淀，辉骏生物搭建了涵盖Orbitrap Fusion Lumos、Orbitrap Astral等多种主流质谱仪的专业检测平台，形成了从IP/pull-down样本富集到质谱鉴定的全流程一站式实验服务体系。该服务不仅为客户提供标准化、高效化的实验操作支持，更配套专业技术指导，全程助力客户解决实验过程中的技术难点，打造了IP/pull-down样本质谱鉴定领域的标杆级服务范式。凭借完善的平台配置与深厚的技术积累，辉骏生物持续为科研工作者赋能，助力其在分子机制探索、疾病靶点挖掘等相关研究中突破技术瓶颈，取得更多高质量科研成果。

LC-MS/MS蛋白质谱鉴定 * 服务信息

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辉骏生物旨在为客户提供良好的蛋白质谱鉴定服务，客户可以进行几乎所有感兴趣的研究，如蛋白质组分析、小分子的高分辨率分析、复杂环境中小分子的定量分析等。

辉骏生物蛋白质谱鉴定LC-MS/MS客户文章（1区，IF>20）

以上即为本期内容的核心分享，对于有IP-MS蛋白质谱鉴定、蛋白修饰鉴定需求的科研工作者，可随时联系辉骏生物。辉骏生物不仅提供多元化核心产品，涵盖Flag、HA、V5、GFP、RFP等各类纳米抗体磁珠，IP专用VHH抗鼠二抗、标签抗体、内参抗体，以及各类蛋白互作试剂盒；同时还提供全方位实验与检测服务，包括RIP、RNA pull down、ChIP、DNA pull down、Co-IP等蛋白互作实验服务，以及IP样本蛋白鉴定、蛋白修饰鉴定、蛋白组学等蛋白检测服务。若有相关技术咨询或产品订购需求，欢迎随时与我们沟通。

辉骏生物简介

广州辉骏生物科技股份有限公司（Fitgene）成立于2011年，超15年科研服务经验，专业提供蛋白（抗体）和互作实验服务，包括蛋白质谱检测、蛋白/RNA/DNA/化合物等分子间相互作用检测、抗体稳定表达株构建、基因敲除和过表达细胞株构建等；同时还研发了纳米抗体磁珠、IP专用二抗、互作试剂盒、标签抗体等科研产品。

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