质谱鉴定不成功主要可以分为两类，一类是质谱效果不好，一类是没有可参考的蛋白数据库，质谱效果不好的原因又可以细分为蛋白点太淡以至于蛋白含量过低、蛋白点取得太小不利于操作、虽然经过双向电泳分离但却是某几个蛋白的混合蛋白点、蛋白酶解及质谱操作失误等，要避免这些因素需要尽量取颜色深一些的蛋白点，并且取的蛋白点面积需要适当大一些（对于某些很小但很清晰的蛋白点，取点的时候可是适当选择孔径大一些的枪头，把边上空白处适当取到一些也不要紧），避免取点可能混合的蛋白点，具备丰富的酶解质谱操作经验。而由于没有可参考的数据库导致的鉴定效果较差，可以通过更换范围更大的数据库、采用EST数据库以及根据单个物种的蛋白数据库构建本地质谱数据库的方式得到解决。