一级质谱的鉴定方法又常称为肽指纹图谱鉴定(peptide-mass mapping,PMF),二级质谱的鉴定方法又常称为串联质谱鉴定。早期蛋白鉴定,因为考虑鉴定成本的问题,一般做测序生物的蛋白鉴定可以选择一级质谱,而非测序生物常选择二级质谱。现在,二级质谱的价格也大大降低,和一级质谱并无太大差异,而且可靠性和鉴定成功率都大大提高,本公司一般都推荐客户(不管是研究测序生物还是非测序生物)直接做串联质谱,而不考虑进行肽指纹图谱鉴定。
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