一级质谱的鉴定方法又常称为肽指纹图谱鉴定（peptide-mass mapping，PMF），二级质谱的鉴定方法又常称为串联质谱鉴定。早期蛋白鉴定，因为考虑鉴定成本的问题，一般做测序生物的蛋白鉴定可以选择一级质谱，而非测序生物常选择二级质谱。现在，二级质谱的价格也大大降低，和一级质谱并无太大差异，而且可靠性和鉴定成功率都大大提高，本公司一般都推荐客户（不管是研究测序生物还是非测序生物）直接做串联质谱，而不考虑进行肽指纹图谱鉴定。