看文献时，面对蛋白互作的Co-IP免疫共沉淀结果图中密密麻麻的条带和Input、IgG等对照组，是否总让你困惑？

辉骏生物带你拆解条带弯弯绕绕的奥秘！面对繁杂的实验组、对照组，阳性结果如何判定？Input、IgG等关键变量又该怎么解读？辉骏在本文解读Co-IP实验的SCI文献，精准破解核心疑问。无论是刚入门的科研小白，还是卡在蛋白互作实验的进阶研究者，都能收获CoIP文献实用解读技巧与干货，轻松搞定Co-IP文献难点，助力科研高效推进。

辉骏生物现在来解读一下免疫共沉淀Co-IP结果图，可以看到Co-IP的结果一般分为两大部分，分别是“Input”部分和“IP”部分。

图1 引自FBXO7 ubiquitinates PRMT1 to suppress serine synthesis and tumor growth in hepatocellular carcinoma. Nat Commun 15(1):4790(2024). 

Input组是直接取细胞裂解液一部分进行WB制样，所以是总蛋白裂解液，目的是检验IP前样品中目的蛋白是否表达，理论上WB一定能够发出来目的蛋白条带，如果Input泳道都没有目标蛋白条带，说明样品本身有问题（比如蛋白没提取出来），后续IP结果阴性就没有意义；

同时，Input还能起到内参粗略定量的作用。如果某个样品的Input信号明显偏弱，说明其本身目标蛋白表达量就低，那么其IP信号较弱也是合理的。此外，有些文章会把Input写成Lysates（裂解液）或者WCL（Whole Cell Lysate），意思是一样的。

图中我们可以看到Input里面，利用IB（Immunoblot）也就是WB实验，FBXO7、PRMT1都有条带，并且内参β-actin基本齐，说明目的蛋白均成功表达。

接下来，看IP组：

泳道① IgG指的是阴性对照，通常用与目标蛋白无关的非特异性抗体（比如兔 IgG、鼠 IgG）代替特异性抗体，重复IP操作。它的作用是排除非特异性结合的干扰，如果 IgG 泳道也出现了目标蛋白条带，说明 IP 捕获的可能是杂蛋白（抗体非特异性吸附）。

泳道②是用FBXO7抗体和bead从样品中钓出并洗脱下来的目标蛋白（以及可能与目标蛋白结合的其他蛋白）。然后利用IB去检测IP产物，IP 泳道如果有条带，说明抗体成功捕获了目标蛋白，条带越强，说明捕获效率越高。在图中，FBXO7钓出来的目标蛋白利用FBXO7抗体进行IB检测，能下拉到PRMT1蛋白，显示有条带，说明FBXO7与PRMT1存在相互作用。

❗❗当研究的目的蛋白缺少好用的IP抗体，或者目的蛋白在细胞中本底表达很低时，很多文章都会把目的蛋白构建成表达质粒，并且给目的蛋白带上标签，常用的标签有：

■ Flag: DYKDDDDK（8个氨基酸），为了保证更好的识别效果，实际常常用到3*Flag标签（即3个Flag序列串联起来）

■ Myc: EQKLISEEDL（9个氨基酸）

■ HA: YPYDVPDYA（10个氨基酸）

■ V5: GKPIPNPLLGLDST（14个氨基酸）

■ His: HHHHHHHHHH（6-10个氨基酸）

■ GFP/EGFP/mCherry: 27KD

这样将表达载体过表达到细胞中，利用Flag、Myc或HA等抗体，就能很方便的IP外源蛋白，辉骏生物解读一下结果图：

从图中可以看到泳道①、②、③、④均为对照组，泳道⑤、⑥为实验组。Lysates（即Input组）所有转染组均出现对应蛋白条带，说明目的蛋白均成功表达。

接下来，看IP组：

用HA抗体特异性下拉诱饵蛋白HA-ASK1后，泳道⑤也能下拉到 His-TRAF6 条带，说明HA-ASK1与 His-TRAF6 存在特异性相互作用；而泳道⑥加入 Flag-MVP 后，His-TRAF6 条带直接消失，表明过表达Flag-MVP会显著抑制 ASK1与 TRAF6 的相互作用！