His标签通常由6-10个连续组氨酸组成，His标签能与二价金属离子（如Ni²⁺或Co²⁺）形成配位键，从而与螯合的树脂特异性结合，达到蛋白亲和纯化的目的。

通过咪唑来洗脱，蛋白纯度一般，标签也几乎没有促溶性，但是适用于原核、酵母、哺乳动物、昆虫各类表达系统，并且成本非常低。

适用实验场景：标签小，干扰少，最通用，适合大多数可溶性蛋白。

Strep-tag II标签由8个氨基酸（WSHPQFEK）组成的小标签，与Strep-Tactin蛋白高度特异结合。

通过生物素进行温和洗脱，单次纯化的蛋白纯度能达到90%以上，适用原核、酵母、哺乳动物、昆虫各类表达系统，但成本很高。

适用实验场景：洗脱最温和，不影响蛋白活性，适合后续需保持蛋白功能的实验。

MBP标签是一种来源于大肠杆菌的天然蛋白，396个氨基酸残基，分子量约为40 kDa。标签结构中包含一个稳定的β-折叠和α-螺旋结构域，形成一个深槽，可与麦芽糖或直链淀粉结合，从而实现目标蛋白的标记和分离。

通过麦芽糖进行洗脱，蛋白纯度较高，也有很强的促溶性，尤其对于在原核表达系统中易形成包涵体的蛋白，MBP标签往往能提高其可溶表达比例，因而在特定情况下具有较强的实用价值。

适用实验场景：适合难溶性诱饵蛋白（MBP能显著提升蛋白溶解度）；但标签较大，需谨慎选择。