IP-MS是研究蛋白互作、揭示蛋白作用机理的关键方法。基于LC-MS的蛋白鉴定，可实现目标蛋白、蛋白混合物及互作蛋白的精准鉴定。

辉骏生物推出IP-MS蛋白互作组学解决方案，核心优势如下： 

1.  三步质检：通过input-WB、IP-WB、IP-MS多维度验证，确保诱饵蛋白检出，提升阳性互作蛋白筛选成功率，缩短试错周期；

2.  未知互作筛选：IP技术捕获“目标蛋白-结合蛋白”复合物，结合质谱分析快速锁定未知互作蛋白； 

3.  修饰位点鉴定：精准定位目标蛋白修饰肽段及位点，为蛋白修饰机制研究提供可靠数据。

IP-MS蛋白互作组学技术原理

通过亲和纯化（如免疫沉淀）富集目的蛋白及其互作蛋白，与对照组平行开展质谱检测。蛋白质酶解为肽段后离子化，经质谱仪检测获得一级（肽段质荷比）和二级（碎片离子质荷比）质谱数据；检索蛋白数据库解析数据，得到蛋白定性定量结果。扣除对照组数据后，剩余差异蛋白即为目标结合蛋白。

图 IP-MS原理图

实验思路

1. IP-MS实验组与对照组设计 

对照组设置是实验关键环节，核心原则为控制变量。IP-MS实验中，实验组与对照组的质谱检测环节一致，差异仅存在于IP环节。 常用对照组设计方案有2种： 

方案一：IP和质谱检测效果最优，为IP-MS实验最常用方案。 

方案二：适用于需规避细胞体系刺激、鉴定生理状态下高生物学意义蛋白互作的场景，针对细胞内源性蛋白开展IP与检测。

此外，若同时鉴定2个及以上无关联蛋白的互作蛋白，各组可互为对照。

2、Co-IP MS实验

1. 检测样本诱饵蛋白表达，确保可被抗体识别

2. 诱饵蛋白抗体/标签抗体磁珠行Co-IP，收集洗脱产物

3. WB检测洗脱液诱饵蛋白，验证Co-IP成功

4. LC-MS/MS检测洗脱液蛋白成分

方案一：诱饵蛋白带标签，用标签抗体磁珠做IP（注意：Input为Co-IP前的样本总蛋白）

方案二：用诱饵蛋白抗体做IP

IP-MS实验流程

客户下单→订单/材料确认→样本裂解→Input-WB（诱饵蛋白）→免疫共沉淀→IP-WB（诱饵蛋白）→质谱检测（验证诱饵蛋白）→数据分析（筛独有蛋白）→生信分析→结果交付

图 IP-MS检测流程图

实验结果

1、Co-IP/Western-blot结果

2、Co-IP/SDS-PAGE结果

银染胶图显示，实验组IP洗脱液存在清晰蛋白条带且与对照组有差异，遂对两组洗脱液行质谱检测以鉴定蛋白组成。

辉骏生物IP-MS实验客户案例

2024 年 9 月，中山大学肿瘤防治中心元云飞、李斌奎团队联合美国 MD Anderson 癌症中心 Dr.Guocan Wang，在《自然通讯》发表研究论文，证实靶向 PRMT3 可抑制 HSP60 甲基化及多聚化，激活 cGAS/STING 通路以促进抗肿瘤免疫。

作者通过 IP-MS（PRMT3 互作及 HSP60 精氨酸甲基化质谱分析，图 A，辉骏生物提供技术）发现，线粒体伴侣蛋白 HSP60（HSPD1 编码）在 PRMT3 沉淀蛋白中居首位。后续利用 Hepa1-6 细胞开展内源免疫共沉淀实验，证实 HSP60 与 PRMT3 存在内源互作（图 B）

图 IP-MS进行PRMT3相互作用和HSP60精氨酸甲基化的质谱分析图

IP-MS技术服务送样要求 

1. IP-MS整体技术服务：需至少2组样本（实验组+对照组）；需提供诱饵蛋白IP级别抗体（常规标签抗体无需提供）。 

2. IP样本质谱检测服务：接收IP富集后变性/非变性洗脱的蛋白产物，溶液或胶条形式均可。 

> 注意：样本建议送样量及详细要求，详询辉骏生物技术支持。

交付结果

以高分辨液质联用系统进行检测→基于质谱检测数据出具检测和分析报告，报告内容包括：

• IP-MS实验效果和数据质量评估结果；

• 高可信度互作蛋白列表；
  

• 关键互作蛋白的GO注释和富集分析;
  

• 关键互作蛋白的KEGG Pathway注释和富集分析；

• String互作网络分析；

• 蛋白互作数据库挖掘。

辉骏生物IP-MS实验服务优势

三步质检确保IP数据可靠

1. IP-MS实验最主要的失败原因是前期的IP实验效果不理想，导致互作蛋白鉴定过多或过少、后续无法成功验证。

2. 我们推出在IP实验过程中“三步质检评估IP实验效果”，即：Input-WB、IP-WB、IP-MS都确保检测到诱饵蛋白，提高IP-MS筛选阳性互作蛋白的成功率，缩短试错周期。

数据可验证性高

在更大量的数据中以定性或者定量方式、高筛选标准寻找互作蛋白，使结果可验证性超过50%。

服务内容全面

提供实验设计、样品制备、质量控制、质谱处理、生物信息学和统计分析等全套服务内容。

结果更精准丰富

围绕研究目的设置分析方法，使分析结果更符合研究需求，包含更多特色内容。

互作程度比较

实验组的鉴定蛋白数据扣除对照组数据之后，剩下的差异蛋白为目标结合蛋白，更准确有效地分析不同条件下蛋白相互作用的变化。

辉骏生物实验外包服务商，10年专注科研实验，专业提供全方位蛋白质组学、蛋白/核酸互作、代谢组学、分子/细胞生物学、lncRNA专题实验等科研服务。辉骏自有蛋白质组学平台，对蛋白的质谱鉴定有十足的把控能力，对后续的生物信息分析有独到的见解。

目前，我们已为上千位客户在Nature、Oncogene、Cell Research等高水平期刊成功发表IF>10的高分文献（点击查看客户文献），欢迎各位咨询IP-MS蛋白质谱鉴定，实验电话：4006991663